La primitiva iglesia del convento de Regina Coeli, que era una sola nave con cubierta de madera se le encargó al carpintero Juan de Sanlúcar, el año 1524.
En el coro bajo del convento de Regina existe un Niño Jesús de pequeño tamaño de terracota policromada, realizado por Alonso Cano, ejecutada entre los años 1652 y 1667. En el convento de Regina Coeli existe una imagen de San Francisco que es atribuida a Luisa Roldán, La Roldana, y que pudo ser realizada, en la época gaditana de la escultora, entre los años 1684 y 1687.El interior de la iglesia del convento dispone de una sola nave, cubierta con bóveda de cañón. Se puede destacar el retablo donde se encuentra la Virgen María Reina de los Cielos, que da nombre al convento. También se puede mencionar el púlpito, realizado en caoba en el siglo XVII.
El sexto duque de Medina Sidonia, don Juan de Guzmán hace una donación el año 1535 a las monjas clarisas de 20.000 maravedies, a cambio de la obligación de alternar entre todas la adoración del Sacramento durante el día y la noche.La duquesa doña Ana de Silva y Mendoza recibió el 6 de junio de 1607 licencia del Comisario General de la Orden Franciscana para fundar en el Convento de Regina Coeli el primer colegio para niñas donde "se enseñasse toda buena crianza a las hijas de los hombres honrados", de edades entre los tres y quince años.
Hasta el año 1738 las monjas de Regina Coeli vestían un habito de tela fina de color azulado. Siendo la madre Micaela Braganza abadesa fue la que lo cambió por el sayal que viste la orden.
El dos de julio de 1720 profesa en el convento de Regina Coeli doña Melchora Braganza, que costeó mejoras importantes en el convento, entre ellas abovedar el altar mayor y realizar el retablo, del que no se conserva documentación para poder conocer a los autores, aunque se fecha sobre el año 1740.
