En la peana de la efigie de San Nicolás, que está en la hornacina de la portada de la iglesia aparece un rótulo que dice: "San Nicolás acabose el año de 1595". Fue construida en un terreno cedido por el Cabildo el año 1594.
En principio fue una ermita, convirtiéndose en 1678 en ayuda de parroquia.
Entre los años 1600 y 1618 se construyó la ermita de Ntra. Sra. del Buen Viaje, mas tarde Convento Capuchino. Fue construida por los navegantes y marineros de la Balsa, enemistados con los del Barrio de los Gallegos que tenían la ermita de San Nicolás.
La enemistad entre los marineros y mareantes de los barrios de la Balsa y de los Gallegos era manifiesta, organizándose entre ellos verdaderas batallas campales.
El domingo veintiséis de junio de 1678, la iglesia de San Nicolás es instituida como Ayuda de Parroquia, trasladándose a ella el Santísimo Sacramento.
En 1738 se comienza a reconstruir la iglesia de San Nicolás, ya que la que la ermita que existía con anterioridad fue destruida.
Las obras de reconstrucción duraron desde 1738 a 1754. La inauguración consistió en el traslado del Santísimo y tres días de fiestas.
En 1754 se termina de reconstruir la iglesia de San Nicolás, sobre la que ya existía con anterioridad. La anterior amenazaba ruina debido a las aguas que llegaban por del barrio de San Blas y las viñas de Santa Brígida.